Link doit se rendre à Hyrule à la place du maire . Alors qu'il s'apprête à partir, deux habitants du village se font capturer. Link doit les sauver, puis un évènement va survenir, un évènement qui va engendrer la transformation de notre héros en loup, son arrivée dans le Royaume du Crépuscule, il est retenu prisonnier grâce à la précieuse aide de Midna. Commencera alors pour Link une quête pour repousser le Royaume Maléfique qui, petit à petit, englouti le monde normal, et vaincre les forces maléfiques dont la Princesse Zelda semble se protéger, un périple qui lui demandera de passer d'un monde à l'autre et donc d'une forme humaine à une forme animale pour rétablir la paix en Hyrule. Voilà ce je peut vous dire du scénario du jeu.