Majora's Mask fait directement suite à Ocarina of Time.  Le jeu a en fait pour cadre Termina, un monde parallèle à Hyrule dans lequel Link est emmené contre son gré à la suite d'une attaque dans les bois par un petit démon nommé Skull Kid. Possédé par le Masque de Majora, ce nouvel ennemi sème la zizanie dans toute la région. Une immense menace plane sur Termina : la lune menace de s'écraser  sur le pays, provoquant ainsi sa destruction et la mort de tous ses habitants. 72 heures, c'est le temps qui sépare l'arrivée de Link du cataclysme ; c'est aussi le temps qui lui sera imparti pour l'éviter. Et pour cela, il pourra compter sur l'aide de son précieux Ocarina pour remonter le temps mais aussi sur de mystérieux masques aux effets étonnants... Majora's Mask est résolument à part dans la série de part ces éléments. Quel autre Zelda nous amène à un Game Over définitif au bout d'un certain nombre d'heures de jeu ?